先治療再手術
若持續復健治療6個月仍沒有明顯的改善，或是雖有改善，但仍有明顯的頭頸部傾斜或臉部兩側不對稱的情形，此時就必須考慮手術治療。手術的方式主要是根據斜頸的原因採取不同的手術方法。
肌源性斜頸主要的手術方式是胸鎖乳突肌筋膜切開術或是胸鎖乳突肌延長手術。手術的傷口1～2釐米，不但能達到肌肉放鬆的目的，也不會造成不美觀的狀況。
頭頸部感染造成的斜頸抗生素治療若沒有明顯的改善，就必須考慮用切開引流手術，以徹底去除感染源。
神經性斜頸也是要根據病變的部位及病變的程度，而有不同的手術方法。
骨源性斜頸必須針對有問題的骨骼或關節做處理，有時做截骨矯正手術可矯正變形，有時還必須做骨骼關節融合手術。
早期診斷·早期治療
新生兒斜頸治療的預後，跟斜頸的原因有很大的關係。大部分的肌源性斜頸，若能及早發現、及早治療，通常都能獲得良好的治療效果，甚至只靠復健拉筋也能痊癒。
若在寶寶3個月大前就診斷出斜頸並開始治療，則幾乎所有的寶寶不需手術就能痊癒。
若3～6個月之間才診斷出來並開始治療，則有25%的寶寶需要接受手術。
若6～18個月纔開始治療，則有75%的寶寶需要接受手術。
若大於18個月纔開始治療，則幾乎100%的寶寶需要接受手術。
所幸在接受手術治療後，大部分的寶寶都能得到不錯的預後結果。不過，骨源性及神經源性的斜頸預後就沒有肌源性斜頸這麼好。有時爲了讓骨骼關節穩定而做的關節融合手術，反而會造成頭頸部僵硬的後遺症。但無論如何，儘早發現斜頸並開始治療，是非常重要的，因爲越早治療則治療方式越簡單且治療效果越好。
家長與醫護人員配合
新生兒斜頸是新生兒常見的頭頸部問題，有相當多的原因會造成斜頸，而不同的原因有不同的治療方式，這需要專業的醫師仔細評估後才能決定哪一種治療方式最適合。
新生兒斜頸的治療是越早開始效果越好，而一個完善的治療計劃，需要家長與醫護人員配合，持續努力才能得到好的結果。
